החוג ללימודי מקרא באוניברסיטה העברית הוא בין המובילים בעולם בלימוד מדע המקרא. תלמידי החוג לומדים לקראת התארים בוגר, מוסמך ודוקטור, ובמסגרת לימודיהם הם נחשפים לכל ענפי חקר המקרא והספרות הקרובה לו. המחקר המתנהל בחוג וההוראה בו מייצגים קשת רחבה של תחומי התמחות ועניין, ובמרכזה הלימוד הלשוני, ההיסטורי והספרותי של הספרות המקראית. התכונה המובהקת של גישת החוג לחקר המקרא היא השילוב של הישגי הדורות בקרב מפרשי המקרא בישראל ובעמים עם גילויי המדע בעת החדשה-ביחס לתולדות ישראל בימי קדם, לשפות השמיות, לתרבות המזרח הקדום וספרותו, לארכיאולוגיה המקראית, ולחקירה הביקורתית של שלבי התהוותם, חיבורם ומסירתם של כ"ד ספרים, של מגילות מדבר יהודה ושל התרגומים העתיקים.

תוכנית הלימודים של החוג מושתתת על הלימוד המעמיק של:

1. הכתוב, בלשונו ועל רקע תקופתו, לרבדיו הספרותיים על שלבי חיבורם ואיסופם
2. תולדות האמונה הישראלית כפי שהן משתקפות במקרא
3. סוגי הספרות המקראית על תכונותיהם וסגנונם
4. ספרות המזרח הקדום בזיקתה למקרא
5. הפרשנות היהודית לדורותיה, תוך שימת דגש על הפרשנות הפנים­­־מקראית, על הפרשנות שבספרות ימי הבית השני, ועל תרומתם המכרעת של פרשני ימי הביניים

בלימודים לתואר בוגר לומדים תלמידי החוג בשלב הראשון מבואות שונים המקיפים את המקצועות השונים בחקר המקרא כגון עברית מקראית, פרשנות המקרא ותולדותיה מן העת העתיקה ועד היום, מבוא לביקורת נוסח המקרא, המקרא על רקע המזרח הקדום. לימודיהם כוללים גם תרגיל המוקדש ללימוד ספר מספרי הנביאים הראשונים, ושיעורי בחירה נוספים. בשלב השני התלמידים משתתפים בתרגילים המוקדשים לספרי מקרא נוספים ובסמינריונים מחקריים במגוון נושאים הנוגעים לספרות המקראית, לאמונת המקרא, להיסטוריוגרפיה מקראית ועוד, וכן במבחר עשיר של שעורי בחירה הניתנים בחוג עצמו ובחוגים הקרובים לו.

בלימודים לתואר מוסמך ניתנת ההזדמנות להשתתף בסמינריונים מתקדמים בהנחייתם של חוקרים המובילים בתחום. תלמידי התארים המתקדמים לומדים שפה עתיקה (יוונית, אכדית או מצרית), ומגבשים תוכנית אישית של מחקר עצמאי בהנחייתו של אחד ממורי החוג הבכירים. המצטיינים ביותר מתקבלים ללימודי התואר השלישי, ולאורך שנות לימודם נדרשת מהם רמה גבוהה של השגים. עבודת המוסמך עשויה לעסוק בנושא מקראי מובהק או בנושא בין־תחומי הקושר בין חקר המקרא למקצוע לימוד אחר.

החוג ללימודי מקרא נותן את חסותו גם לתוכנית לקראת התואר מוסמך בתחום 'המקרא ועולמו' בבית הספר לתלמידי חו"ל ע"ש רוטברג.

המרכז לחקר המקרא ע"ש פלורנס ופיליפ דבורסקי מעניקה כל שנה מלגות לימודים למספר מצומצם של תלמידים הראויים לסיוע זה.

המקרא הוא אחד המקצועות הנלמדים בבית הספר היהודי, הן בארץ והן בכל תפוצות ישראל, והחוג רואה בין תפקידיו את הכשרת תלמידיו להוראת המקרא. תלמידים מצטיינים בעלי מחויבות גבוהה למקצוע החינוך יכולים לפנות לתוכנית 'רביבים', המכשירה את בוגריה להוראת התנ"ך בבתי ספר על־יסודיים ומעניקה להם תואר ראשון ושני.