בתום הלימודים לתואר הראשון, יכולים בוגרי החוג להמשיך ללימודים מתקדמים לתואר מוסמך או דוקטורט באוניברסיטה העברית ובאוניברסיטאות מובילות אחרות, ולעסוק במחקר המקרא, אם באוניברסיטה, בארכיונים, מכוני מחקר ומוזיאונים.
אפיק נוסף הוא השתלבות כמדריכים וכאוצרים במוזיאונים, באתרים היסטוריים וארכאולוגיים ובחברות התיירות.
החוג ללימודי מקרא גם מציע מסלול לימודים משולב עם תעודת הוראה החל מן התואר הראשון, המאפשר לבוגריו להשתלב אחרי הלימודים כמורים בבתי הספר.